Die Organe des Verbandes sind der Vorstand, die Kommissionen, die Sportjugend und die Delegiertenversammlung.
Die Delegierten der Mitgliedsvereine aus Hessen wählen alle zwei Jahre den Vorstand. Dieser besteht aus dem/der Präsident:inund zwei Vize-Präsident:innensowie einem/einer Schatzmeister:in. Vervollständigt wird der Vorstand durch den Vorsitz der Sportjugend FJBB. Die Delegierten wählen ebenso zwei unabhängige Kassenprüfer:innen. Es wird jedes Jahr ein:eKassenprüfer:ingewählt, so dass immer zwei Kassenprüfer:innengleichzeitig im Amt sind.
Der Vorstandkann für die Umsetzung der ihm übertragenen Aufgaben Kommissionen einsetzen.

Im Floorball Verband Hessen gibt es folgende Kommissionen: